Die Behandlung der BAKER – ZYSTE kann entweder konservativ oder operativ erfolgen. Die konservative Therapie schließt eine antientzündliche medikamentöse Therapie (Ibuprofen, Diclofenac) und auch eine Punktion der Zyste ein. Bei der operativen Therapie wird in der Regel die gesamte Zyste über einen recht großen Hautschnitt in der Kniekehle freigelegt und an ihrer Wurzel (Kanal ins Kniegelenk) unterbunden und dann abgetrennt. Auf Grund der Radikalität des Eingriffs muss man nach der Operation mit den üblichen Komplikationen chirurgischer Eingriffe in sensiblen Regionen (Kniekehle) rechnen.
Die kathetergestützte bipolare Thermoablation (RFITT) der Baker – Zyste ist ein weltweit in nur wenigen Zentren im klinischen Einsatz befindliches Verfahren zur endozystischen minimalinvasiven Thermoablation von Kniegelenkzysten. Es wurde 2010 von SAPHENION in den klinischen Alltag eingeführt.